核糖体间隔基因分析

核糖体间隔基因分析(Ribosomal intergenic spacer analysis , RISA)技术由Bornemam和Triplett[11]首先使用于对土壤中微生物多样性的研究。此技术应用到rRNA操纵子中16S和23S之间的基因的PCR扩增。16S-23SrRNA基因间隔区（Intergenic Spacer Region, ISR)因其具有相当好的保守性和可变性而备受关注,可应用于种以下水平的分类鉴定,对16S-23SrRNA基因的ISR进行扩增所用的引物往往是根据16SrRNA和23SrRNA基因两侧高度保守的区域进行设计的。RISA技术可以揭示片段长度的不同。长度不同的扩增产物可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离然后银染显象。此技术可以准确评估指纹结构群体，每一条带至少代表一个物种。Fisher和Triplett[12]发展了RISA技术使其达到自动化，此技术被称为自动核糖体间隔基因分析（Automated ribosomal intergenic spacer analysis，ARISA) ,它可以更快更高效的评估生物群体的多样性。16S-23S之间区域的PCR扩增用的是荧光标记的快速引物，此引物可使自动毛细管电泳的进度得到直观检测。ARISA中可以分辨的荧光峰的总数代表被分析样品中物种的总体数目，片段的大小也可以与基因库中的数据进行比较，以得到更多生物信息。