国外优秀化学著作译丛化学信息学教程_在线百科全书查询
国外优秀化学著作译丛化学信息学教程
国外优秀化学著作译丛化学信息学教程
作者： [德]约翰加斯泰格尔 托马斯恩格 定价： ¥ 78.00 元
出版社： 化学工业出版社 出版日期： 2005年01月
ISBN： 7-5025-6139-0 开本： 16 开
类别： 综合化学化工,医药农化 页数： 568 页
简介
本书系统介绍了化学信息学的各个研究方向，深入浅出地评述了化学信息学各领域的现状和今后的发展动向。本书重点阐述了化学分子结构及反应的表征，数据类型与数据库，检索方法，数据分析方法，以及化学信息学在结构解析，反应模拟，合成与药物设计方面的应用。同时还介绍了常用计算机软件与因特网资源。适用于化学系高年级本科生和研究生教材，同时了也可为从事化学和药学的科研人员提供参考。
目录
第1章 导言1
1 化学的研究领域1
1化学家的基本问题2
1化学信息学的范畴4
化学信息学的学习6
主要任务8
目标物的表征8
数据8
学习9
化学信息学的历史9
定量结构与活性关系10
分子模拟10
结构解析10
化学反应与合成设计10
本书的内涵11
化学信息学的教学12
第2章 化合物的表示法13
引言13
2 化学命名15
2 化学命名的发展16
2化学元素的表达16
2 元素的描述16
2（无机）化合物的经验式的描述16
2 现行表示法17
2 有机化合物的经验式表示法17
2现行表示法17
2无机和有机化合物的系统命名17
2 线性符号表示法19
2 Wiswesser线性符号表示法19
2 应用21
2 ROSDAL21
2 应用22
2SMILES编码22
2应用24
线性符号表示法24
应用25
结构的编码26
图论26
图论基础27
矩阵表达29
邻接矩阵29
距离矩阵30
原子连接矩阵30
键矩阵30
键-电子矩阵31
连接表33
化学结构的输入与输出35
标准的结构交换格式37
指南：Molfile和SDfile39
Molfile的结构40
SDfile的结构43
库和工具箱43
结构信息的表达45
环识别45
最小环数目46
所有的环46
最小基本环47
表达的无歧义性和惟一性48
结构异构体和同构48
标准化49
摩根算法50
指南：摩根算法51
连接表的不足53
用连接表来表达分子结构的不足53
用电子体系表达分子结构54
基本概念54
简单的单键和双键54
共轭性和芳香性54
体系的正交性56
非键轨道56
带电物质和自由基56
电离状态57
缺电子化合物57
有机金属化合物57
化合物结构的特殊标记58
Markush结构59
碎片编码59
应用60
指纹60
Hashed指纹60
Hash编码61
应用62
立体化学的表征62
基本概念62
分子手性和构型异构体的表征64
手性的探测与表征66
排序列表67
旋转序列68
置换说明68
Molfile和SMILES中的立体化学69
1 Molfile中的立体化学70
SMILES中的立体化学71
指南：通过置换基团来解决立体化学问题72
四价碳的立体化学73
双键的立体化学75
三维结构的表征77
分层介绍化学结构表征77
三维结构的表征78
为什么需要三维结构以及怎样获得三维结构80
三维结构的自动生成82
获取所有构象：何谓构象分析?88
全体构象的自动生成89
简介95
PDB文件格式96
STAR文件格式和字典102
晶体信息文件(CCDC)103
mmCIF文件格式105
软件105
分子表面106
范德华表面108
Connolly表面109
溶剂可及表面109
溶剂排斥表面110
酶腔表面（Enzyme Cavity Surface, 联合表面）110
基于等值的电子密度表面110
用实验方法获取表面111
分子模型可视化111
历史回顾111
结构模型113
金属线结构模型113
帽棍模型113
球棍模型113
空间填充模型114
生物大分子模型115
圆柱体模型115
带状模型116
管状模型116
晶体图模型(Crystallographic Model)116
分子属性的可视化116
基于等表面的性质(Properties Based on
Isosurfaces)116
工具：化学结构绘制软件--分子编辑软件与显示软件118
概述118
分子编辑器119
单机应用120
基于网页（web）的应用124
分子显示器(Molecule Viewers)127
单机应用127
基于网页(web)的应用129
基于网页(Web)的三维结构产生工具137
第3章 化学反应表达148
引言148
反应类型151
反应中心151
化学反应度153
物化效应153
电荷分布154
诱导效应155
共振效应155
极化效应155
立体效应155
立体电子效应156
化学反应度定量的简单方法156
前沿分子轨道理论156
线性自由能关系（Linear Free Energy Relationships,
LFER) 157
经验反应度公式159
反应分类159
1 模型驱动方法160
Hendrickson方案160
Ugi方法161
信息化学反应分类166
数据驱动的方法166
HORACE166
反应的立体化学170
指南：反应的立体化学170
第4章 数据175
引言175
数据、信息和知识175
数据采集途径176
数据采集177
数据质量的重要性177
数据复杂度179
实验数据179
数据交换180
DAT文件180
JCAMP-DX格式181
PMML182
实际数据和它们潜在的不足183
数据预处理184
中心化、定标度和自标度184
高级方法186
快速傅里叶变换（Fast Fourier Transformation,
FFT) 186
小波变换(Wavelet transformation,WT)187
奇异值分解（Singular Value Decomposition,SVD) 187
变量选择188
基于遗传算法(genetic algorithm,GA)的方法188
基于正交化(orthogolization)的方法189
基于模拟退火（Simulated Annealing,SA）的方法190
基于主成分分析(principal component analysis,PCA)
的方法190
目标选择(或称样本选择)190
准备验证模型质量的数据192
练集和测试集192
测试数据集的收集193
第5章 化学数据库和数据资源196
引言196
基本数据库理论197
搜索引擎198
访问数据库199
数据库系统类型200
1 层次数据库系统200
网络模型202
关系模型203
基于对象
